Ada 4 metode pendidikan di pondok pesantren dan unit SMP, yaitu
- Pendidikan Ibadah & Akhlak (Moral/Etika/Adab dan Kinerja)
- Sholat Fardhu berjamaah & Tepat waktu
- Sholat sunnah rawatib, tahajud, dhuha
- Shaum sunnah (Senin-Kamis)
- Budaya 5S (Senyum, Salam, Sapa, Sopan, Santun)
- Annajah Peduli Lingkungan (berbagi, sosialisasi dan kerjabakti)
- T-KeSAnĀ (Tausyiah Keluarga Santri Annajah)
- Pendidikan dengan Lima Kompetensi (5K)
- Kritis dalam berfikir dan memecahkan masalah
- Kreatif dalam berkarya dan mencari solusi
- Komunikatif dalam berhubungan dengan sesama
- Kolaboratif dalam bekerjasama dengan berbagai pihak
- Konservatif dalam merawat dan melindungi bumi
- Pendidikan Literasi:
- Teknologi Digital
- Membaca & Menulis
- Budaya
- Finansial
- EkstrakurikulerĀ